Na história da introdução do eucalipto no Brasil, as épocas da domesticação variaram em função das espécies, locais e finalidades. O conhecimento na área de cultivo do eucalipto é de grande importância para obter-se melhores resultados, em relação ao tempo, local e diversidade de material genético. Os primeiros plantios deram-se através de mudas obtidas por sementes de espécies puras da Austrália e, posteriormente, com sementes coletadas nos diferentes hortos florestais brasileiros, já com a ocorrência de híbridos, em função da ausência de controle no isolamento entre as espécies compatíveis.

Empresas de celulose e papel, institutos de pesquisas como IPEF, SIF e universidades, isoladamente ou em sistema de cooperação, desenvolveram programas de melhoramento genético tradicional, por seleção de árvores e teste de progênies.A participação das universidades tem sido de grande importância nos projetos de parceria com empresas siderúrgicas e de celulose, tendo grande influência no desenvolvimento tecnológico alcançado.

Os plantios comerciais foram expandindo das regiões sul-sudeste, para condições mais tropicais, como sul da Bahia, norte do Espírito Santo e Pará. As regiões tropicais apresentam condições favoráveis para o rápido crescimento da floresta, mas também favorecem a ocorrência de vários patógenos (cancro e ferrugem), como aconteceu na década de 1970.

O grande avanço na pesquisa, para eliminar este problema, foi a modificação na reprodução de plantas, adotando o sistema de clonagem. O aumento de áreas de plantios clonais foi significativo, independente de haver, na região, ocorrência ou não da doença, em função da homogeneidade e produtividade, fazendo com que as empresas abandonassem o programa tradicional de melhoramento florestal.

Em condições ambientais livres da ocorrência de estresse hídrico ou biológico, os dados mostram uma produção comercial semelhante entre clones e sementes selecionadas através do método de plantio por família. O ganho inicial com a seleção de clones foi significativo, mas, atualmente, despende-semaior esforço para obter novos clones superiores e aumentar a produção (ton cel/ha), ou para substituir esses materiais genéticos que se tornaram suscetíveis a doenças.

Existem técnicas silviculturais, através do aumento da diversidade genética da floresta, para minimizar o aparecimento de pragas e doenças, com o objetivo de reduzir a pressão de seleção na população dos patógenos, para que não surjam novas raças de doença. Esse aumento da diversidade poderá ser obtido através de plantios em mosaico, utilizando-se a integração com florestas naturais, como também com diferentes clones de eucaliptos divergentes, avaliados por tecnologia molecular, bem como utilizar na operação de replantio, mudas obtidas por sementes, sendo que este replantio deverá ser feito entre 1 e 3% da população total.

A lignina, juntamente com a celulose, hemicelulose, são os componentes químicos da madeira. Mas o alto custo na indústria de papel, para a remoção deste componente na produção de celulose, tem direcionado para desenvolver madeira com menor porcentagem desse componente. A lignina possui uma importante atuação no sistema de proteção dos eucaliptos contra as doenças e a sua redução deve interferir no sistema de defesa.

As doenças já afetaramdiferentes culturas brasileiras, como ocorreu com o cacau e a seringueira. É de conhecimento que este componente, nas madeiras das árvores tropicais, é maior em relação às das regiões temperadas. Na mudança do sistema de reprodução de plantas sexuadas para assexuadas, temos a possibilidade de introduzir fatores fisiológicos de rejuvenescimento, envelhecimento, interação com diferentes microorganismos, podendo levar a um resultado ainda desconhecido, o que requer maiores estudos e cuidados na produção de mudas.

O programa de pesquisa não deve ser baseado unicamente em seleção de árvores e testes clonais, mas também na contemplação de projetos de melhoramento clássico de espécies puras. São conhecidas duas linhas principais de pesquisa, uma com o objetivo de melhoramento e conservação e outra para aumento da produção a curto e médio prazo. A diferença está no tamanho da base genética, que permite maior ou menor ciclo de gerações para a seleção, minimizando a endogamia associada à adaptação e ganho genético.

Como na floresta os ciclos de seleção são longos – superiores a 10 anos, dependendo da espécie – é importante utilizar todas as técnicas modernas da tecnologia molecular para acelerar e aumentar a previsibilidade dos resultados. Na estratégia de melhoramento avançado do eucalipto, ahibridação controlada entre espécies tem como finalidade complementar caracteres para maior adaptação em relação a diferentes condições ambientais, associada à melhoria na qualidade específica da madeira.

Além disso, os trabalhos de seleção de subpopulações e a busca de linhagens por autofecundação têm sido utilizados para obter ganho de adaptação, qualidade e produtividade do eucalipto. Porém, a alternativa da autofecundação em eucalipto dispõe de poucas pesquisas. A espécie E. pellita  tem como característica positiva apresentar resistência a diferentes patógenos, devendo ser considerada de grande importância (juntamente com E.grandis, E.saligna, E.urophylla, espécies já conhecidas), para ser trabalhada na estratégia do melhoramento, sem esquecer ainda da espécie E.camaldulensis, para aumentar a tolerância ao estresse hídrico.

A diversidade ambiental na floresta, associada às alterações climáticas mundiais e interação com o plantio de eucalipto, exigem programas com ampla pesquisa, para maior segurança nacional, a fim de continuarmos na liderança mundial na produção de madeira de fibra curta. O programa de melhoramento clássico, além de ser um fator importante para a continuidade e sustentabilidade de ganho   nos plantios comerciais por sementes ou clones, é também o alicerce para receber as modernas tecnologias de marcador molecular, genômicas e de DNA recombinantes.